จากสภาพอากาศในช่วงฝนตกชุกและมีความชื้นสูงระยะนี้ อาจส่งผลกระทบให้ต้นกล้ามะละกอเกิดโรคได้ง่าย กรมวิชาการเกษตร แนะเกษตรกรผู้ปลูกมะละกอให้เตรียมรับมือ โรคเน่าคอดิน สามารถพบได้ในระยะต้นกล้า โดยจะพบต้นกล้ามะละกอแสดงอาการทรุดโทรมผิดปกติ เหี่ยวเฉา หากตรวจดูบริเวณโคนต้นในระดับผิวดิน จะเห็นเป็นแผลฉ่ำน้ำสีน้ำตาล ต่อมาเนื้อเยื่อบริเวณแผลนั้นจะเน่า ลำต้นหักพับ และตายในที่สุด เชื้อราอาจเข้าทำลายเมล็ด ทำให้เมล็ดเน่าก่อนจะงอกพ้นดิน

หากเกษตรกรพบต้นกล้าที่เป็นโรค ให้รีบนำต้นที่เป็นโรคออกจากแปลงไปเผาทำลายนอกแปลงเพาะกล้าหรือแปลงปลูกทันที และในบริเวณโคนต้นที่อยู่ใกล้เคียงให้ราดด้วยสารโพรพาโมคาร์บไฮโดรคลอไรด์ 72.2% เอสแอล อัตรา 1.5-3 มิลลิลิตร ต่อน้ำ 5 ลิตร หรืออัตรา 6-12 มิลลิลิตร ต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารไฮเมกซาโซล 36% เอสแอล อัตรา 22-26 มิลลิลิตร ต่อน้ำ 20 ลิตร

นอกจากนี้ ก่อนการเพาะต้นกล้ามะละกอ ให้เกษตรกรเลือกใช้มะละกอพันธุ์ต้านทานโรคคุณภาพดีจากแหล่งปลอดโรค และเลือกวัสดุปลูกจากแหล่งที่ปราศจากการระบาดของโรค จากนั้น ให้นำเมล็ดพันธุ์มะละกอคลุกด้วยสารเมทาแลกซิล 35% ดีเอส อัตรา 7 กรัม ต่อเมล็ดพันธุ์ 1 กิโลกรัม อีกทั้งควรวางถุงหรือกระบะเพาะต้นกล้ามะละกอให้ได้รับแสงแดดส่องผ่านอย่างเพียงพอ มีอากาศถ่ายเทสะดวก และบริเวณภายในโรงเรือนเพาะต้นกล้าควรรักษาความสะอาดอย่างสม่ำเสมอ

กรณีปลูกมะละกอด้วยเมล็ดโดยตรง ก่อนปลูกให้เกษตรกรเตรียมดินด้วยการไถกลบพลิกหน้าดินให้ลึก ให้ดินได้ตากแดดนานหลายๆ วัน และไถกลบพลิกหน้าดินซ้ำอีกครั้ง ทิ้งไว้ประมาณ 2 สัปดาห์ วิธีนี้จะสามารถช่วยลดปริมาณเชื้อราในดิน และป้องกันการสะสมของเชื้อราสาเหตุของโรคได้