ข้อแนะนำบางประการในการป้องกันกำจัดโรคของไม้ผลที่เกิดจากแต่ละกลุ่มสาเหตุของโรค

1. การป้องกันโรคที่เกิดจากสิ่งที่ไม่มีชีวิต ซึ่งปรับปรุงได้ เช่น ดินขาดแร่ธาตุอาหาร ควรมีการปรับระดับความเป็นกรดเป็นด่างของดิน การจัดการให้น้ำที่พอเหมาะให้พืชนำแร่ธาตุไปใช้ได้ หรือหลีกเลี่ยงไม่ปลูกพืชในสภาพแวดล้อมธรรมชาติที่ไม่สามารถปรับปรุงได้ เช่น สภาพหนาวเย็น ร้อนจัด และดินเค็ม

2. การป้องกันกำจัดโรคที่เกิดจากไวรอยด์และไวรัส โดยการใช้ท่อนพันธุ์จากต้นพันธุ์ที่ไม่เป็นโรค ต้นพันธุ์ที่มีมาตรการควบคุมแมลงพาหะของโรคที่เพียงพอ และใช้กรรมวิธีรักษา และทำลายเชื้อโรคในท่อนพันธุ์ด้วยความร้อน เช่น จุ่มในน้ำร้อน หรือกักพืชที่อุณหภูมิสูงก่อนนำไปปลูกเป็นเวลาหลายวัน และทำความสะอาดเครื่องใช้ เช่น กรรไกรตัดแต่งกิ่งในน้ำด่างหรือสบู่ เพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของโรค

3. การป้องกันกำจัดโรคที่เกิดจากริกเก็ตเซีย ไมโคพลาสมา และแบคทีเรีย ต้องคำนึงถึงความสะอาดภายในสวน และระยะหลังเก็บเกี่ยวของผลผลิต เชื้อสาเหตุที่ตกค้างภายในและผิวภายนอกของต้นพืช เมื่อได้รับความชื้นหรือน้ำฝนจะทำให้เชื้อแบคทีเรียทะลักออกมาและแพร่กระเซ็นไปยังส่วนอื่นของลำต้น เช่น ที่ผล จึงต้องป้องกันกำจัดโดยการฉีดพ่นสารปฏิชีวนะ เช่น สเตรปโตมัยซิน หรือสารทองแดง เพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของบักเตรี และฉีดพ่นสารป้องกันกำจัดแมลงที่จะถ่ายทอดไมโคพลาสมา และริกเก็ตเซีย มาสู่พืช การรวบรวมตัดแต่งกิ่งและส่วนของพืชที่เป็นโรคเผาทำลายจะลดปริมาณเชื้อไมโคพลาสมา และแบคทีเรียได้อย่างมาก ควรกระทำก่อนการใช้สารเคมี จะทำให้มีประสิทธิภาพสูงในการควบคุมโรค

4. การป้องกันโรคที่เกิดจากรา ควรคำนึงถึงสภาพแวดล้อมซึ่งมีความเหมาะสมต่อการระบาด โดยเน้นทางการเขตกรรมก่อนการใช้สารเคมี เช่น การตัดแต่งกิ่งให้โปร่ง การให้ปุ๋ยในอัตราที่เหมาะสม การใส่ปุ๋ยหมักหรือปุ๋ยคอกเพื่อเพิ่มจุลินทรีย์ในดิน การจัดการระบายน้ำในดินที่ดี การทำความสะอาดสวน และการเผาทำลายเศษซากพืช จะช่วยลดปริมาณเชื้อราที่แพร่ระบาดในสวนได้มาก และเมื่อทำร่วมกับการฉีดพ่นสารป้องกันกำจัดเชื้อราเป็นระยะๆ ก็จะลดปริมาณเชื้อราที่จะเข้าทำลายระยะใบ ช่อดอก ผล และลดปริมาณเชื้อที่ติดไปกับผลไม้ในสภาพพักตัว หรือปนเปื้อนที่ผิวผลไม้เป็นปริมาณสูงที่ขั้วผลและก้นผล ซึ่งเป็นสาเหตุทำให้ผลไม้เน่าระยะหลังเก็บเกี่ยว

5. การป้องกันกำจัดโรคพืชที่เกิดจากสาหร่าย ควรควบคุมความหนาแน่นของทรงพุ่ม ตลอดระยะการเจริญเติบโต ตัดแต่งภายหลังการเก็บผลิตผลแล้ว และฉีดพ่นสารป้องกันกำจัดเชื้อราที่มีส่วนประกอบของทองแดง เช่น คอปเปอร์ออกซีคลอไรด์ เพื่อป้องกันจุดสาหร่ายบนใบ ในกรณีที่ขาดการควบคุมที่เพียงพอ จุดสาหร่ายอาจลุกลามไปที่กิ่งและผล ทำให้เกิดความเสียหายมาก

6. การป้องกันกำจัดโรคพืชที่เกิดจากไส้เดือนฝอย มักเน้นในการเตรียมดินที่ปลูกที่ดี ควรพลิกดินก้นหลุมให้แสงแดดเผาทำลายเชื้อโรคและไข่ของไส้เดือนฝอย การใส่สารอินทรียวัตถุในดินจะช่วยเพิ่มศัตรูธรรมชาติ ซึ่งช่วยลดปริมาณไส้เดือนฝอย ในกรณีของไม้ผลระบบรากนับว่าอ่อนแอต่อการถูกทำลาย หากสังเกตลำต้นแคระแกร็น ชะงักการเจริญเติบโต ไม่ติดดอกออกผล หรือแสดงอาการต้นโทรม ควรขุดดูราก และแยกตรวจไส้เดือนฝอยในดิน เผาทำลายระบบรากและลำต้นที่เป็นโรค มีสารป้องกันกำจัดไส้เดือนฝอยหลายชนิดที่ใช้ฆ่าไส้เดือนฝอยระยะเตรียมดินปลูก และบางชนิดใช้กับระยะหลังปลูกพืชแล้ว