2. ปุ๋ยหมักบางชนิด มีจุลินทรีย์ที่ช่วยยับยั้งและป้องกันจุลินทรีย์ที่ทำให้พืชเป็นโรคได้

3. ปุ๋ยหมักมีธาตุอาหารครบถ้วน ทั้งธาตุอาหารหลัก ธาตุอาหารรอง และธาตุอาหารเสริม

4. ปุ๋ยหมักเป็นแหล่งอาหารของสิ่งมีชีวิตในดินที่เป็นประโยชน์ จึงช่วยให้ต้นไม้เจริญเติบโตได้ดีขึ้น

5. ปุ๋ยหมักมักจะปล่อยธาตุอาหารให้พืชอย่างช้าๆ ทำให้อยู่ในดินได้ค่อนข้างนาน จึงมีโอกาสเสียน้อยกว่าปุ๋ยเคมี

6. ปุ๋ยหมักช่วยปรับค่าความเป็นกรด-ด่างของดินให้เหมาะสมได้ ต่างจากปุ๋ยเคมีที่มีแอมโมเนียเป็นส่วนประกอบ จึงอาจจะทำให้ดินแปรสภาพเป็นกรด

7. ปุ๋ยหมักช่วยเพิ่มจุลินทรีย์และอินทรียวัตถุ ทำให้โครงสร้างของดินดีขึ้น เช่น ร่วนซุย ระบายน้ำดี ถ่ายเทอากาศสะดวก และรากแผ่กระจายหาอาหารง่ายขึ้น ในขณะที่ปุ๋ยเคมีไม่มีคุณสมบัติในการปรับปรุงดินใดๆ

8. ปุ๋ยหมักช่วยลดค่าใช้จ่าย และทำให้ประหยัดเงิน เพราะสามารถใช้แทนปุ๋ยเคมีได้ สามารถลดปริมาณการซื้อปุ๋ยเคมีลงได้ แถมยังไม่ต้องเสียเงินซื้อสารเคมี หรือยาป้องกันแมลงศัตรูพืชด้วย